Коллекция музея насчитывает более 100 тыс. экспонатов, среди которых археологические предметы, монеты, графика XVIII-XIX вв., фотографии и документы. В настоящее время для посещения открыты экспозиционные разделы «Природа Крыма: палеонтология, геология, рельеф», «Прошлое Тавриды (история и археология Крыма с древнейших времён до ХV в.)», «Таврическая губерния» и «Крым в годы Великой Отечественной войны».