Один из старейших пещерных монастырей в Крыму, высечен в западном обрыве Монастырской скалы, на которой сохранились руины средневековой крепости Каламита. По легенде был основан одним из первых римских пап Климентом, сосланным в каменоломни Инкермана. Здесь же он и был убит в 101 г. по приказу императора.
В 1931 г. в пещерах перестали проводиться богослужения, имущество монастыря отошло Севастопольскому музейному объединению. Возрождение монастыря началось в 1991 г.
